A professor at the École Normale Supérieure, Toutain was president of the Academy of Sciences in
Semur and director of excavations in
Alésia until 1958[3]·[4]·[5]· .[6] In addition to the excavations at Alésia, his research was on the history of
Roman Africa, in particular on the area of modern-day
Tunisia, and on the history of religions in the
Roman Empire, in which he opposed the theories of
Franz Cumont.
Histoire contemporaine jusqu'au milieu du XIXeme siecle, 1929
Histoire de l'antiquité, 1911
Histoire du Moyen Âge, 1911
Histoire moderne, 1913
Histoire de France et histoire générale de 1789 à nos jours, 1910
L'Idée religieuse de la rédemption et l'un de ses principaux rites dans l'antiquité grecque et romaine, 1916
L'Économie antique, 1927 (Collection L'Évolution de l'humanité)
La Gaule antique vue dans Alésia, 1932
Les Cultes païens dans l'Empire romain, 1917–1920
Les Northmans en Islande au Moyen Âge, 1898
La Légende de la déesse phrygienne Cybèle, ses transformations, 1909
Alésia. Son histoire, sa résurrection, 1912
Histoire de l'Europe et particulièrement de la France depuis la fin du V° siècle jusqu'à la guerre de Cent ans, 1925
Les Origines historiques de la Société des Nations..., 1925
Chronique des fouilles : la campagne de 1924... rapport adressé à M. le Ministre de l'instruction publique et des beaux-arts par M. J. Toutain..., 1926
Un Grand héros national : Vercingétorix, 1934
À la recherche d'Alésia, Alaise ou Alise ?, 1952
Les cités romaines de la Tunisie : Essai sur l'histoire de la Colonisation romaine dans l'Afrique du Nord, 1895
Discours prononcés à la séance de clôture du Congrès le samedi 23 avril 1927 / par M. Jules Toutain et M. Edouard Herriot, Congrès des Sociétés savantes à Paris, 1928
Note sur les puits découverts à Alesia en 1909, 1911
Notes d'épigraphie et d'archéologie tunisienne, 1907, Bulletin archéologique
Histoire de l'Orient et de la Grèce, 1923
Comment s'est formée dès l'Antiquité la nationalité française, 1936